El proceso de facturación electrónica en salud en Colombia consiste en emitir facturas electrónicas de venta ante la DIAN incluyendo, además de los requisitos generales, los datos específicos del sector salud definidos en el anexo técnico: código del prestador, modalidad de contratación, cobertura, y valores como copagos y cuotas moderadoras. La Resolución 0948 de 2026 unificó estas reglas y estableció que IPS, profesionales independientes y demás actores del sector deben generar el documento electrónico con estos campos adicionales, validarlo ante la DIAN y conservar el soporte para el trámite con las EPS y demás pagadores.
Suena a mucho, pero en realidad es un proceso ordenado con pasos claros. Aquí te lo explicamos completo: qué necesitas antes de empezar, cómo se emite la factura paso a paso, cómo se manejan los copagos y qué debes vigilar para no quedarte sin resolución de facturación vigente.
Qué dice la normativa: la Resolución 0948 de 2026 en contexto
El sector salud tiene una particularidad: la factura no solo le interesa a la DIAN, también es el soporte de cobro ante EPS, ARL, aseguradoras y entidades territoriales. Por eso la regulación combina dos frentes:
- El frente tributario (DIAN): la Resolución 000165 de 2023 define el sistema de facturación electrónica general y sus anexos técnicos, aplicables a todos los obligados a facturar en Colombia. Conviene consultar siempre la versión vigente del Anexo Técnico en el portal de la DIAN, ya que la entidad la ha ajustado mediante resoluciones posteriores.
- El frente sectorial (Ministerio de Salud): la Resolución 0948 de 2026 actualizó los lineamientos para que las facturas del sector salud incluyan campos adicionales específicos —el llamado sector salud dentro del anexo técnico— y se articulen con los RIPS (Registros Individuales de Prestación de Servicios de Salud) como soporte de la factura electrónica.
En la práctica, esto significa que una IPS o un profesional independiente no emite una factura «distinta», sino una factura electrónica estándar enriquecida con información del sector. Si quieres profundizar en los plazos y detalles de esa exigencia, tenemos un análisis completo sobre el vencimiento del plazo de implementación del anexo técnico de facturación electrónica en el sector salud.
Requisitos previos: habilitarse ante la DIAN antes de la primera factura
Antes de emitir tu primera factura electrónica de salud, necesitas completar el proceso de habilitación ante la DIAN. Es un trámite que se hace una sola vez y sin él ninguna factura será válida. Los pasos son estos:
- Ten el RUT actualizado. Debe reflejar tu actividad económica (los códigos CIIU de servicios de salud) y la responsabilidad de facturador electrónico (código 52).
- Regístrate como facturador electrónico en el servicio informático de la DIAN, indicando si vas a facturar por tu cuenta o a través de un proveedor tecnológico autorizado.
- Asocia tu modo de operación. Si usas un software de facturación, en este paso vinculas ese proveedor a tu NIT ante la DIAN. Es lo que permite que las facturas que emitas se transmitan y validen a tu nombre.
- Completa el set de pruebas. La DIAN exige emitir un conjunto de documentos de prueba en su ambiente de habilitación. Cuando el set se aprueba, pasas al ambiente de producción.
- Solicita la resolución de numeración para facturación electrónica (más adelante te contamos por qué este paso merece atención constante, no solo al inicio).
Además, como prestador de salud debes estar inscrito en el REPS (Registro Especial de Prestadores de Servicios de Salud), porque el código de habilitación que te asigna ese registro es uno de los datos que viaja en la factura. Si estás arrancando desde cero con este tema, te recomendamos primero entender qué es la factura electrónica y cómo se implementa: con esa base, todo lo sectorial se entiende mucho más fácil.
El proceso paso a paso: de la atención al paciente a la factura validada
Paso 1: Prestar el servicio y generar los RIPS
Todo empieza con la atención: consulta, procedimiento, medicamento, hospitalización. Cada servicio prestado se registra en los RIPS, que según la Resolución 0948 de 2026 se reportan en formato JSON y funcionan como soporte de la factura electrónica. La regla de oro: lo que dice la factura y lo que dicen los RIPS deben coincidir. Si facturas un servicio que no está en los RIPS (o al revés), el pagador tiene motivo para glosar.
Paso 2: Construir la factura con los campos del sector salud
Aquí se arma el documento electrónico. Además de los requisitos generales de toda factura (fecha, numeración autorizada, datos del adquiriente, detalle de bienes y servicios, impuestos), la factura de salud incluye campos específicos en el XML:
| Campo del sector salud | Qué contiene | Por qué importa |
|---|---|---|
| Código del prestador | El código de habilitación asignado en el REPS | Identifica legalmente a quién prestó el servicio |
| Modalidad de pago | Evento, cápita, pago global prospectivo, entre otros | Define cómo el pagador reconoce y liquida el servicio |
| Cobertura o plan de beneficios | Plan de beneficios en salud, plan complementario, ARL, SOAT, particular, etc. | Determina quién paga y bajo qué reglas |
| Número de contrato y póliza | Referencia del acuerdo con el pagador, cuando aplica | Vincula la factura al contrato que la respalda |
| Copago | Valor que aporta el usuario sobre el costo del servicio | Descuenta del valor a cobrar al pagador |
| Cuota moderadora | Aporte del usuario para regular el uso del servicio | Se reporta por separado del copago; no son lo mismo |
| Pagos compartidos y anticipos | Otros valores recaudados al usuario o adelantados | Afectan el neto que se le cobra a la EPS o aseguradora |
Paso 3: Transmitir la factura a la DIAN para validación previa
Colombia opera con un modelo de validación previa: la factura se envía primero a la DIAN, que verifica la estructura del XML, la numeración, la firma digital y los campos obligatorios. Solo cuando la DIAN responde con el documento validado, la factura existe legalmente. Con ella se genera el CUFE (el código único que identifica la factura) y la representación gráfica en PDF con código QR.
Paso 4: Entregar la factura al pagador junto con sus soportes
La factura validada se entrega al adquiriente —la EPS, la ARL, la aseguradora o el paciente particular— junto con los RIPS y los demás soportes que exija el pagador. En la relación con las EPS, este paquete es lo que inicia el proceso de radicación, auditoría y pago.
Paso 5: Gestionar la respuesta: aceptación, rechazo o glosas
El pagador puede aceptar la factura, rechazarla o glosarla parcialmente. Si hay ajustes, se resuelven con notas crédito o débito electrónicas, que también se transmiten a la DIAN y quedan vinculadas a la factura original por su CUFE. Nunca corrijas «anulando» una factura ya validada por fuera del sistema: la nota crédito es el camino correcto y deja toda la trazabilidad en orden.
Copagos y cuotas moderadoras: cómo reflejarlos bien en la factura
Este es uno de los puntos donde más errores se cometen, así que vale la pena detenerse. Lo primero: el copago no es un descuento comercial. Es una parte del valor del servicio que asume el usuario, y la normativa exige reportarlo en el campo específico del sector salud dentro del XML, no como una línea de descuento genérica.
¿Por qué importa la diferencia? Porque afecta tres cosas a la vez:
- El XML que valida la DIAN: si registras el copago como descuento comercial en lugar de usar el campo de pagos compartidos, el documento puede pasar la validación técnica pero quedar mal construido frente al anexo del sector salud, y eso te genera problemas con el pagador.
- El valor a cobrar a la EPS: la factura debe mostrar el valor total del servicio, el valor recaudado al usuario (copago o cuota moderadora) y el neto que le corresponde pagar a la entidad responsable. Si el copago no se resta correctamente, la EPS glosará la diferencia.
- Tu contabilidad: el ingreso se reconoce por el valor total del servicio prestado. El copago recaudado es un pago parcial recibido del usuario, y el saldo queda como cuenta por cobrar a la EPS. Registrar el copago como un menor ingreso distorsiona tus ventas y te complica la conciliación con los pagadores.
Y ojo con confundir copago y cuota moderadora: el copago es un aporte sobre el costo del servicio (aplica principalmente al régimen contributivo en beneficiarios y al subsidiado), mientras que la cuota moderadora busca regular el uso de los servicios y la pagan los cotizantes y sus beneficiarios. En la factura electrónica van en campos separados, y mezclarlos es una de las causas más comunes de glosas evitables.
La resolución de facturación: verifícala antes de que te frene la operación
Toda factura electrónica debe emitirse dentro de una numeración autorizada por la DIAN mediante una resolución de facturación. Esa resolución tiene dos límites: una vigencia en el tiempo (normalmente entre 6 y 24 meses) y un rango de números (por ejemplo, del 1 al 5.000). Se agota lo que llegue primero.
Si la resolución vence o el rango se acaba, no puedes emitir facturas válidas: la DIAN rechazará los documentos y tu radicación ante las EPS se detiene. Para una entidad de salud, eso significa flujo de caja frenado. La buena noticia es que evitarlo es sencillo:
- Verifica el estado de tu resolución en el portal de la DIAN (servicio de numeración de facturación, con tu usuario registrado) o directamente en tu software, que suele mostrar la fecha de vencimiento y los consecutivos disponibles.
- Ponte una alerta con margen: revisa al menos 30 días antes del vencimiento o cuando te quede un 20 % del rango. La solicitud de una nueva resolución es un trámite virtual y gratuito, pero no lo dejes para el último día.
- Solicita la nueva numeración y asóciala a tu software antes de que la anterior expire, para que la transición sea invisible en tu operación.
Un buen sistema de facturación te avisa solo cuando la resolución está por vencerse o el rango por agotarse. Es exactamente el tipo de cosa que no deberías tener que recordar de memoria.
Errores frecuentes que conviene evitar
- Facturar con datos del sector salud incompletos: omitir la modalidad de pago o el código del prestador genera inconsistencias frente al pagador aunque la DIAN valide el documento.
- RIPS y factura que no cuadran: cualquier diferencia entre lo facturado y lo reportado en RIPS es candidata directa a glosa.
- Registrar copagos como descuentos: ya lo vimos; usa los campos específicos y reconoce el ingreso completo en contabilidad.
- Dejar vencer la resolución de numeración: es 100 % prevenible con alertas y revisión periódica.
- Corregir facturas por fuera del sistema: toda corrección va con nota crédito o débito electrónica vinculada al CUFE original.
En resumen: un proceso exigente, pero completamente manejable
La facturación electrónica en salud es la factura electrónica de siempre con una capa adicional de información sectorial: habilitarte ante la DIAN, mantener tu resolución vigente, construir el documento con los campos del anexo del sector salud, validarlo, entregarlo con los RIPS y gestionar las respuestas del pagador. Cada paso tiene su lógica y, con las herramientas adecuadas, la mayoría ocurre en automático. Si quieres reforzar la base normativa general antes de aterrizar lo sectorial, revisa nuestra guía de factura electrónica en Colombia según la DIAN. En Dataico te acompañamos para que facturar bien sea una cosa menos de qué preocuparte y una cosa más que ya tienes bajo control.
Referencias
- Ministerio de Salud y Protección Social — Resolución 0948 de 2026
- DIAN — Sistema de Facturación Electrónica
- Ministerio de Salud — Cuotas moderadoras y copagos
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